跳转到内容

英文维基 | 中文维基 | 日文维基 | 草榴社区

核糖核酸

本页使用了标题或全文手工转换
维基百科，自由的百科全书
（重定向自核醣核酸）
「RNA」重定向至此。關於游戏引擎，請見「RNA引擎」。
mRNA的球棍模型，其中灰色小球代表碳原子，紅色小球代表氧原子，藍色小球代表氮原子，橘色小球代表磷原子
圖爲mRNA前體上的一段莖環結構。含氮鹼基以綠色表示，而磷酸-核糖骨架則以藍色表示。注意莖（雙鏈）結構是由一條RNA單鏈通過摺疊形成

核糖核酸（英語：ribonucleic acid，縮寫：RNA）是一類由核糖核苷酸通過3',5'-磷酸二酯鍵聚合而成的線性大分子[1]。自然界中的RNA通常是單鏈的，且RNA中最基本的四種鹼基爲腺嘌呤（A）、尿嘧啶（U）、鳥嘌呤（G）、胞嘧啶（C）[註 1]，相對的，與RNA同爲核酸的DNA通常是雙鏈分子，且其含有的含氮鹼基中将RNA的尿嘧啶替换为胸腺嘧啶（T）。

RNA有着多種多樣的功能，可在遺傳編碼、轉譯、調控、基因表達等過程中發揮作用。按RNA的功能，可將RNA分爲多種類型。比如，在細胞生物中，mRNA（傳訊RNA）爲遺傳訊息的傳遞者，它能夠指導蛋白質的合成。因爲mRNA有編碼蛋白質的能力，它又被稱爲編碼RNA。而其他沒有編碼蛋白質能力的RNA則被稱爲非編碼RNA（ncRNA）。它們經由催化生化反應，或透過調控或參與基因表達過程發揮相應的生理功能。比如，tRNA（轉運RNA）在轉譯過程中起轉運RNA的作用，rRNA（核糖體RNA）於轉譯過程中起催化肽鏈形成的作用，sRNA（小RNA）起到調控基因表達的作用。此外，RNA病毒甚至以RNA作爲它們的遺傳物質。

RNA通常由DNA經由轉錄生成。RNA在細胞中廣泛分佈，真核生物的細胞核、細胞質、粒線體中都有RNA[2]:36。

與DNA的比較

[编辑]
RNA分子中的含氮鹼基
50S核糖體亞單位的3D結構示意圖。rRNA以土黃色表示，蛋白質以藍色表示。活性位點爲rRNA的一個小片段，以紅色標出

RNA的分子結構與DNA非常相似，但是，兩者有以下三個主要不同點：

  • 與通常是雙鏈的DNA不同，RNA通常是單鏈的，而且長度一般比DNA短得多[3][4]。不過，單鏈RNA可以通過摺疊形成雙鏈結構（這樣的雙鏈結構亦被稱爲「莖」），tRNA中即有這樣的結構。
  • DNA中的戊糖爲脫氧核糖，而RNA中的戊糖爲核糖[5]，其區別在於，脫氧核糖的2位碳上連接的是氫原子，而核糖的2位碳上連接的是羥基）。2位碳上的羥基降低了RNA的穩定性，因爲它使得RNA更易被水解。
  • 在DNA中，與腺嘌呤（A）互補的含氮鹼基是胸腺嘧啶（T），而在RNA中，與腺嘌呤（A）互補的含氮鹼基是尿嘧啶（U），它比胸腺嘧啶少了一個甲基[6]。

與DNA相似，大部分有生物活性的RNA，包括mRNA、tRNA、rRNA、snRNA，以及其他一些非編碼RNA，雖然是單鏈，但含有自我互補的序列，能使得它們能進行摺疊[7]，形成互補雙鏈結構（莖）。對RNA的分析表明，它們有着相對更複雜的結構。和DNA不同，RNA的二級結構並不是單純的雙螺旋，而由一系列短的二級結構構成。通過這些短的二級結構的組合，RNA甚至可以擁有與蛋白質相似的結構，並像酶那樣催化化學反應（這樣的RNA被稱爲核酶）[8]。比如，對核糖體進行分析表明，其催化成肽反應的活性位點完全由RNA構成[9]。

DNA與RNA的比較
本模板：
項目 DNA RNA 解說
組成主幹之糖類分子[10] 2-去氧核糖和磷酸 核糖和磷酸
骨架結構 规则的[需要較佳来源][11]:50双螺旋结构[12] 单螺旋结构[需要較佳来源][12] 或茎环结构[13] 即脱氧核糖核酸由两条脱氧核苷酸链构成，而核糖核酸由一条核糖核苷酸链构成。[11]:49
核苷酸數 通常上百萬 通常數百至數千個
鹼基種類[14][12] 腺嘌呤（A）··· 胸腺嘧啶（T）
胞嘧啶（C）··· 鳥嘌呤（G）		 腺嘌呤（A）··· 尿嘧啶（U）
胞嘧啶（C）··· 鳥嘌呤（G）		 除部分例外，DNA為胸腺嘧啶（5-甲基尿嘧啶），RNA為尿嘧啶，使RNA更易被水解。
五碳糖種類[12] 脫氧核醣 核醣
五碳糖連接組成分 氫原子 羟基 在五碳糖的第二個碳原子上連接的組成分不同。
存在于（对于真核细胞而言）[12] 细胞核（少量存在于线粒体、叶绿体） 细胞质


結構

[编辑]
siRNA（小干擾RNA）中的鹼基互補配對（圖中省略了氫原子）

RNA的單體爲核糖核苷酸，其中的戊糖爲核糖，依系統命名法可將其中的碳原子從1'編號至5'。含氮鹼基與1'碳原子相連。RNA中最基本的四種鹼基分別爲A（腺嘌呤）、U（尿嘧啶）、G（鳥嘌呤）、C（胞嘧啶）。其中，腺嘌呤和鳥嘌呤爲雙環的嘌呤，尿嘧啶和胞嘧啶爲單環的嘧啶。磷酸基團與一個核糖殘基的3'碳原子相連，與下一個核糖核苷酸的5'碳原子相連。磷酸基團在生理pH下，並不都能帶上負電荷，因而RNA在生理條件下是帶電荷分子（聚陰離子）。C和G、U和A、G和U之間能夠形成氫鍵[15]。不過，鹼基之間也可能發生其他一些相互作用。比如，在一個凸出部分中，一群腺嘌呤可以互相連接[16]，GNRA四環Tetraloop（英语：Tetraloop）中有一個G-A鹼基對[15]。

RNA的分子結構

核糖的2位碳上連有羥基爲RNA的一個重要結構特點。這類羥基使得RNA雙鏈的結構應與A型構象最接近[17]，不過，在單鏈的某些二核苷酸環境下，也有極小的可能形成DNA最常見的B型螺旋構象[18]。A型構象使得RNA雙鏈的大溝狹窄而深，小溝淺而寬[19]。在RNA分子的構象高度可變區域（即不生成雙鏈結構的區域），2'-OH還能攻擊附近的磷酸二酯鍵，使得核糖-磷酸鏈斷裂[20]。

端粒酶RNA的二級結構

通過轉錄，僅僅能使RNA鏈上帶A、U、G、C四種含氮鹼基[21]不過，轉錄後修飾能夠通過多種途徑對RNA進行改造。比如，轉錄後修飾能夠將稀有鹼基假尿嘧啶（英语：Pseudouridine）（Ψ）加到RNA鏈上。假尿嘧啶與核糖之間的化學鍵是C-C鍵而不是尿嘧啶（U）的C-N鍵。胸腺嘧啶加到RNA鏈上的情形也很常見（最典型的例子是tRNA的TΨC環）[22]。另外，次黃嘌呤也是一種常見的稀有鹼基。次黃嘌呤爲腺嘌呤的脫氨產物，含有次黃嘌呤的核苷被稱爲肌苷（I）。在基因編碼的擺動假說中，肌苷有重要的作用[23]。

除以上列出的之外，經過編輯的核苷還有100多種[24]。由修飾引發的結構性變化在tRNA中最爲明顯[25]，假尿嘧啶與經常在rRNA中出現2'-甲氧基核糖（英语：2'-O-methylation）是最常見的修飾產物[26]。這些修飾的具體作用還沒有完全闡明。不過，值得注意的是，在rRNA中，許多的轉錄後修飾發生在高度功能化的區域，比如肽基轉移酶催化中心以及亞基結合部位，似乎說明轉錄後修飾對RNA發揮正常功能來說相當重要[27]。

具有催化功能的單鏈RNA分子，和蛋白質相類似，需要特殊的RNA三級結構。通過分子內氫鍵形成的二級結構原件構成了三級結構的框架。二級結構形成了許多可識別的「結構域」——比如莖環結構、膨大結構（bulges）、內環結構[28]。因爲RNA分子帶電荷，不少二級結構和三級結構需要Mg2+等金屬離子來進行穩定[29]。

自然界中的RNA均是由D-核糖核苷酸聚合而成的D-RNA。使用L-核糖核苷酸則可合成L-RNA。L-RNA對RNA酶的耐受力要強得多[30]。

合成與修飾

[编辑]
主条目：轉錄和转录后修饰

RNA的合成一般由RNA聚合酶催化。RNA聚合酶以DNA爲模板，通過轉錄合成RNA。轉錄起始於RNA聚合酶與啓動子的結合（啓動子一般位於基因的上游）。因爲RNA聚合酶自帶解旋酶活性，僅依靠RNA聚合酶即可實現DNA雙鏈的解開。轉錄過程中，RNA聚合酶以3'端至5'端的方向讀取DNA模板鏈，並以5'端到3'端的方向合成與之反向平行互補的RNA鏈。轉錄的終止由終止子介導。原核生物的終止子有兩類：簡單終止子與ρ因子依賴性終止子。簡單終止子僅靠RNA形成二級結構即可終止轉錄，而後者在ρ因子的作用下才可以使轉錄終止。真核生物的轉錄終止則與轉錄後修飾密切相關[2]:323[31][32]:531-535。

在真核生物中，RNA的初始轉錄物（英语：Primary transcript）通常會經過轉錄後修飾。比如，真核生物的mRNA大都會被加上Poly(A)尾（多腺嘌呤尾巴）以及5'端帽，mRNA前體中含有的內含子序列也會被剪接體切除[32]:580-581。

一些RNA是由RNA複製酶（RNA依賴性RNA聚合酶）以RNA爲模板催化合成的。比方說，RNA病毒通過RNA複製酶複製其遺傳物質[33]。另外，RNA複製酶亦參與了眾多生物體的RNA干涉過程[34]。

分類

[编辑]

在细胞中，根據結構功能的不同，RNA主要分三類，即tRNA、rRNA，以及mRNA。mRNA是依據DNA序列轉錄而成的蛋白質合成模板；tRNA是mRNA上遺傳密碼的識別者和氨基酸的轉運者；rRNA是組成核糖体的部分，而核糖體是蛋白質合成的機械。

細胞中還有許多種類和功能不一的小型RNA，像是組成剪接體（spliceosome）的snRNA，負責rRNA成型的snoRNA，以及參與RNAi作用的miRNA與siRNA等，可調節基因表現。而其他如I、II型内含子、RNase P、HDV、核糖體RNA等等都有催化生化反應過程的活性，即具有酶的活性，這類RNA被稱為核酶。

调控RNA

[编辑]

許多種類的RNA，能夠透過與mRNA或DNA上的基因片段，部分互補的方式，來調降基因表現。例如在真核Heidi nt)，能引發RNA干擾。miRNA與酵素複合體，會切碎mRNA，阻止該mRNA被轉譯，或加速其降解。[35][36]

雖然小干擾RNA(siRNA; 20-25 nt)的產生，通常是由分解病毒RNA得到，然而也存在內源性的siRNA。[37][38]而siRNA引發RNA干擾的機制類似miRNA，有些miRNA和siRNA，能造成其目標基因被甲基化，從而促進或抑制該基因的轉錄。.[39][40][41]此外，在動物生殖細胞內，所活躍的Piwi-interacting RNA(piRNA; 29-30 nt)，被認為能預防轉座子，並在配子的發生上，扮演重要角色。[42][43]

許多的原核生物，具有CRISPR RNAs，其作用機制類似於真核生物的RNA干擾。[44]其中反義RNA(Antisense RNAs)是最常見的，大多數能調降基因表現，但也有少部分會活化轉錄進行。[45]反義RNA的作用機制之一，是藉由與mRNA互補配對，來形成雙股RNA，而被酵素降解。[46]此外，在真核細胞內，也許多能調控基因的非編碼RNA，[47]一個常見的例子是Xist，它會附在雌性哺乳動物的其中一個X染色體上，造成其去活化。[48]

一段mRNA自身可能帶有調控元件，例如riboswitches，在其五端非轉譯區(5' untranslated region)或三端非轉譯區(3' untranslated region)，包含有順式作用元件(cis-regulatory elements)能夠調控該mRNA的活性。[49]此外，非編碼區上也有可能帶有，能調控其它基因的調控元件。[50]

修饰其它RNA

[编辑]
一種的常見RNA修飾，尿苷(Uridine)被轉換成假尿苷(Pseudouridine)。

許多的RNA會幫助修飾其它RNA。如前信使RNA(pre-mRNA)中的內含子，會被含有許多核小RNA(snRNA)的剪接體剪接。[6]或者RNA本身能作為核酶，剪接自己的內含子。[51]

RNA上的核苷酸也可能被修飾，變成非A、U、G、C的核苷酸。在真核細胞中，RNA上核苷酸的修飾，通常是由在細胞核與卡哈爾體中發現的，小核仁RNA(snoRNA; 60-300 nt)所主導。[52]snoRNA會連結酵素，並以鹼基對的方式，引導它們去接上RNA，之後酵素便開始RNA核苷酸的修飾。鹼基修飾廣泛發生於rRNA與tRNA中，然而snRNA與mRNA也有可能是鹼基修飾的目標。[53][54]此外，RNA也可能被甲基化。[55][56]

RNA基因组

[编辑]

如同DNA，RNA也可以攜帶遺傳信息。RNA病毒的基因組由RNA組成，可以轉譯出多種蛋白質，其中一些負責基因組的複製，而其它的則作為保護構造，在病毒離開宿主細胞後，保護基因組。類病毒是另一種類型的病原體，但它們僅由RNA組成，且該RNA並不會轉譯出任何蛋白質，並利用宿主的聚合酶來複製。[57]

逆转录

[编辑]

反轉錄病毒藉由將RNA反轉錄成為DNA，DNA副本再轉錄為RNA的方式，來複製他們的基因組。反轉錄轉座子也利用此方法，來複製DNA與RNA，以完成轉座。[58]此外，真核細胞內的端粒酶，也包含一個作為模板的RNA，利用它來延長染色體端粒。[59]

双链RNA

[编辑]

雙鏈RNA(dsRNA)是指具有兩個互補鏈的RNA，與細胞中的DNA結構相似，它也是某些病毒(雙鏈RNA病毒)的遺傳物質。雙鏈RNA如病毒RNA或小干擾RNA(siRNA)，可以觸發真核生物的RNA干擾，以及脊椎動物的干擾素反應。[60][61][62][63]

一般的双链RNA是一条RNA折叠互補的。

发现史

[编辑]
羅伯特·威廉·霍利(左側)及其研究團隊合影。

與RNA相關的研究，造就了許多生物學的發現，以及諾貝爾獎。而核酸於1868年由弗雷德里希·米歇爾發現，當時他將該物質稱作「核素」，因為它是在細胞核中被找到的。[64]但不久後，科學家也在沒有細胞核的原核生物中，也發現了核酸。此外，早在1939年就有人懷疑，RNA在蛋白質合成中所扮演的角色。[65]塞韋羅·奧喬亞與阿瑟·科恩伯格，因為在實驗室內發現了，能夠合成RNA的酵素，而獲得1959年的諾貝爾生理學或醫學獎[66]然而，之後的研究顯示，由他們所發現的酵素多核苷酸磷酸化酶（英语：Polynucleotide Phosphorylase），是負責RNA降解，而非RNA合成。

羅伯特·威廉·霍利於1965年，發現酵母菌裡大小為77個核苷酸的tRNA序列，[67] 並於1968年與哈爾·葛賓·科拉納以及馬歇爾·沃倫·尼倫伯格共同獲得了諾貝爾生理或醫學獎。在1967年，卡爾·烏斯推測RNA可能具有催化能力，並提出建議指出，最早的生命形式（自我複製的分子）可能依賴於RNA，來攜帶遺傳信息和催化生化反應，即RNA世界學說。[68][69]

反轉錄病毒及反轉錄酶，於1970年代早期被發現的，使人們了解到RNA能被反轉錄為DNA（與中心法則的一般情況，DNA轉錄為RNA相反）。 這項發現，使戴維·巴爾的摩、羅納托·杜爾貝科與霍華德·馬丁·特明，共同獲得了1975年的諾貝爾生理學或醫學獎。此外在1976年，瓦爾特·菲爾斯（英语：Walter Fiers）以及他的團隊，首度確定了RNA病毒完整基因組的鹼基序列(噬菌體MS2)。[70]

在1997年，菲利普·夏普與理察·羅伯茨，因為發現哺乳類動物病毒及細胞基因中，具有內含子且會發生RNA剪接，而獲得1993年的諾貝爾生理學或醫學獎。具有催化功能的RNA（核酶）在1980年代早期被發現，而使得托馬斯·切赫與西德尼·奧爾特曼，獲得1989年的諾貝爾化學獎。而1990年所發現在碧冬茄屬上，導入基因會靜默植物體自身相似的基因的現象，現今被認為是RNA干擾的結果。[71][72]

且大約在同時，大小約22個核苷酸的RNA(現在被稱為微RNA)，被發現在線蟲的發育上，扮演重要角色。[73]而於RNA干擾的研究，讓安德魯·法厄與克雷格·梅洛，獲得了2006年的諾貝爾生理學或醫學獎；而同年的諾貝爾化學獎，由羅傑·科恩伯格獲得，得獎原因也與RNA相關（在RNA轉錄上的研究）。此外調控RNA的發現，促使了RNA藥物的開發，如利用小干擾RNA來靜默目標基因。[74]

参见

[编辑]

註釋

[编辑]
  1. ^ 通過轉錄後修飾，RNA可能會帶上假尿嘧啶（英语：Pseudouridine）（Ψ）這樣的稀有鹼基

參考文獻

[编辑]
  1. ^ David Hames & Nigel Hooper. Instant Notes in Biochemistry （導讀本） 3rd. 科学出版社. 2005: 193. ISBN 978-7-03-025218-0. 
  2. ^ 2.0 2.1 查錫良 藥立波. 生物化學與分子生物學 第八版. 人民衛生出版社. 2013. ISBN 978-7-117-17214-1. 
  3. ^ RNA: The Versatile Molecule. University of Utah. 2015 [2016-08-17]. （原始内容存档于2016-07-20）. 
  4. ^ Nucleotides and Nucleic Acids (PDF). University of California, Los Angeles. [2016-08-17]. （原始内容 (PDF)存档于2015-09-23）. 
  5. ^ R.N. Shukla. Analysis of Chromosomes. [2016-08-17]. ISBN 9789384568177. （原始内容存档于2020-03-24）. 
  6. ^ 6.0 6.1 Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L. Biochemistry 5th. WH Freeman and Company. 2002: 118–19, 781–808. ISBN 0-7167-4684-0. OCLC 179705944、48055706、59502128. 
  7. ^ I. Tinoco & C. Bustamante. How RNA folds. J. Mol. Biol. 1999, 293 (2): 271–281. PMID 10550208. doi:10.1006/jmbi.1999.3001. 
  8. ^ Higgs PG. RNA secondary structure: physical and computational aspects. Quarterly Reviews of Biophysics. 2000, 33 (3): 199–253. PMID 11191843. doi:10.1017/S0033583500003620. 
  9. ^ Nissen P; Hansen J; Ban N; Moore PB; Steitz TA. The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. Science. 2000, 289 (5481): 920–30. Bibcode:2000Sci...289..920N. PMID 10937990. doi:10.1126/science.289.5481.920. 
  10. ^ Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
  11. ^ 11.0 11.1 薛金星. 中学教材全解 工具版 高中生物必修1 分子与细胞. 陕西人民教育出版社. ISBN 9787545015751. 
  12. ^ 12.0 12.1 12.2 12.3 12.4 人民教育出版社. 生物1 必修 分子与细胞. ISBN 9787107176708. 
  13. ^ Setubal, João Carlos. Meidanis, João. Introduction to computational molecular biology. 主编 聂理.《分子生物学导论》. World Pub. Corperation. 2003. ISBN 7-5062-6574-5. OCLC 880306796. 
  14. ^ 生命的螺旋-DNA與RNA. 國立科學工藝博物館. 
  15. ^ 15.0 15.1 Lee JC; Gutell RR. Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs. J. Mol. Biol. 2004, 344 (5): 1225–49. PMID 15561141. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. 
  16. ^ Barciszewski J; Frederic B; Clark C. RNA biochemistry and biotechnology. Springer. 1999: 73–87. ISBN 0-7923-5862-7. OCLC 52403776. 
  17. ^ Salazar M; Fedoroff OY; Miller JM; Ribeiro NS; Reid BR. The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution. Biochemistry. 1992, 32 (16): 4207–15. PMID 7682844. doi:10.1021/bi00067a007. 
  18. ^ Sedova A; Banavali NK. RNA approaches the B-form in stacked single strand dinucleotide contexts. Biopolymers. 2016, 105 (2): 65–82. PMID 26443416. doi:10.1002/bip.22750. 
  19. ^ Hermann T; Patel DJ. RNA bulges as architectural and recognition motifs. Structure. 2000, 8 (3): R47–R54. PMID 10745015. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6. 
  20. ^ Mikkola S; Stenman E; Nurmi K; Yousefi-Salakdeh E; Strömberg R; Lönnberg H. The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group. Perkin transactions 2. 1999, (8): 1619–26. doi:10.1039/a903691a. 
  21. ^ Jankowski JAZ; Polak JM. Clinical gene analysis and manipulation: Tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. 1996: 14. ISBN 0-521-47896-0. OCLC 33838261. 
  22. ^ Yu Q; Morrow CD. Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity. J Virol. 2001, 75 (10): 4902–6. PMC 114245 可免费查阅. PMID 11312362. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001. 
  23. ^ Elliott MS; Trewyn RW. Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine. J. Biol. Chem. 1983, 259 (4): 2407–10. PMID 6365911. 
  24. ^ Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF. The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Research. January 2011, 39 (Database issue): D195–201. PMC 3013656 可免费查阅. PMID 21071406. doi:10.1093/nar/gkq1028. 
  25. ^ Söll D; RajBhandary U. TRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. 1995: 165. ISBN 1-55581-073-X. OCLC 183036381. 
  26. ^ Kiss T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs. The EMBO Journal. 2001, 20 (14): 3617–22. PMC 125535 可免费查阅. PMID 11447102. doi:10.1093/emboj/20.14.3617. 
  27. ^ King TH; Liu B; McCully RR; Fournier MJ. Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center. Molecular Cell. 2002, 11 (2): 425–35. PMID 12620230. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6. 
  28. ^ Mathews DH; Disney MD; Childs JL; Schroeder SJ; Zuker M; Turner DH. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004, 101 (19): 7287–92. Bibcode:2004PNAS..101.7287M. PMC 409911 可免费查阅. PMID 15123812. doi:10.1073/pnas.0401799101. 
  29. ^ Tan ZJ; Chen SJ. Salt dependence of nucleic acid hairpin stability. Biophys. J. 2008, 95 (2): 738–52. Bibcode:2008BpJ....95..738T. PMC 2440479 可免费查阅. PMID 18424500. doi:10.1529/biophysj.108.131524. 
  30. ^ Vater A; Klussmann S. Turning mirror-image oligonucleotides into drugs: the evolution of Spiegelmer therapeutics. Drug Discovery Today. January 2015, 20 (1): 147–155. PMID 25236655. doi:10.1016/j.drudis.2014.09.004. 
  31. ^ Nudler E; Gottesman ME. Transcription termination and anti-termination in E. coli. Genes to Cells. 2002, 7 (8): 755–68. PMID 12167155. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x. 
  32. ^ 32.0 32.1 Jocelyn E.KREBS; et al. Gene XI. JONES&BARTLETT LEARNING(高等教育出版社出版). 2014. ISBN 978-7-04-039649-2. 
  33. ^ Jeffrey L Hansen; Alexander M Long; Steve C Schultz. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. Structure. 1997, 5 (8): 1109–22. PMID 9309225. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. 
  34. ^ Ahlquist P. RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science. 2002, 296 (5571): 1270–73. Bibcode:2002Sci...296.1270A. PMID 12016304. doi:10.1126/science.1069132. 
  35. ^ Wu L, Belasco JG. Let me count the ways: mechanisms of gene regulation by miRNAs and siRNAs. Mol. Cell. January 2008, 29 (1): 1–7. PMID 18206964. doi:10.1016/j.molcel.2007.12.010. 
  36. ^ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the seeds of a new paradigm. PLoS Biology. 2004, 2 (5): e133. PMC 406394 可免费查阅. PMID 15138502. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. 
  37. ^ Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P. Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs. Molecular Cell. 2004, 16 (1): 69–79. PMID 15469823. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028. 
  38. ^ Watanabe T, Totoki Y, Toyoda A,; et al. Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes. Nature. May 2008, 453 (7194): 539–43. Bibcode:2008Natur.453..539W. PMID 18404146. doi:10.1038/nature06908. 
  39. ^ Sontheimer EJ, Carthew RW. Silence from within: endogenous siRNAs and miRNAs. Cell. July 2005, 122 (1): 9–12. PMID 16009127. doi:10.1016/j.cell.2005.06.030. 
  40. ^ Doran G. RNAi – Is one suffix sufficient?. Journal of RNAi and Gene Silencing. 2007, 3 (1): 217–19. （原始内容存档于2007-07-16）. 
  41. ^ Pushparaj PN, Aarthi JJ, Kumar SD, Manikandan J. RNAi and RNAa — The Yin and Yang of RNAome. Bioinformation. 2008, 2 (6): 235–7. PMC 2258431 可免费查阅. PMID 18317570. doi:10.6026/97320630002235. 
  42. ^ Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, 17 (14): 1265–72. PMID 17604629. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030. 
  43. ^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA. A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins. Nature. 2006, 442 (7099): 199–202. Bibcode:2006Natur.442..199G. PMID 16751776. doi:10.1038/nature04917. 
  44. ^ Horvath P, Barrangou R. CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea. Science. 2010, 327 (5962): 167–70 [2013-04-14]. Bibcode:2010Sci...327..167H. PMID 20056882. doi:10.1126/science.1179555. （原始内容存档于2010-07-23）. 
  45. ^ Wagner EG, Altuvia S, Romby P. Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements. Adv Genet. Advances in Genetics. 2002, 46: 361–98. ISBN 9780120176465. PMID 11931231. doi:10.1016/S0065-2660(02)46013-0. 
  46. ^ Gilbert SF. Developmental Biology 7th. Sinauer. 2003: 101–3. ISBN 0-87893-258-5. OCLC 154656422、154663147、174530692、177000492、177316159、51544170、54743254、59197768、61404850. 
  47. ^ Amaral PP, Mattick JS. Noncoding RNA in development. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society. October 2008, 19 (7–8): 454–92. PMID 18839252. doi:10.1007/s00335-008-9136-7. 
  48. ^ Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P. Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96 (12): 6841–46. Bibcode:1999PNAS...96.6841H. PMC 22003 可免费查阅. PMID 10359800. doi:10.1073/pnas.96.12.6841. 
  49. ^ Batey RT. Structures of regulatory elements in mRNAs. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16 (3): 299–306. PMID 16707260. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. 
  50. ^ Scotto L, Assoian RK. A GC-rich domain with bifunctional effects on mRNA and protein levels: implications for control of transforming growth factor beta 1 expression. Mol. Cell. Biol. June 1993, 13 (6): 3588–97 [2013-04-14]. PMC 359828 可免费查阅. PMID 8497272. （原始内容存档于2019-09-24）. 
  51. ^ Steitz TA, Steitz JA. A general two-metal-ion mechanism for catalytic RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90 (14): 6498–502. Bibcode:1993PNAS...90.6498S. PMC 46959 可免费查阅. PMID 8341661. doi:10.1073/pnas.90.14.6498. 
  52. ^ Wirta W. Mining the transcriptome – methods and applications. Stockholm: School of Biotechnology, Royal Institute of Technology. 2006 [2013-03-24]. ISBN 91-7178-436-5. OCLC 185406288. （原始内容存档于2016-03-04）. 
  53. ^ Xie J, Zhang M, Zhou T, Hua X, Tang L, Wu W. Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (Database issue): D183–7. PMC 1669756 可免费查阅. PMID 17099227. doi:10.1093/nar/gkl873. 
  54. ^ Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP. RNA-modifying machines in archaea. Molecular Microbiology. 2003, 48 (3): 617–29. PMID 12694609. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x. 
  55. ^ Cavaillé J, Nicoloso M, Bachellerie JP. Targeted ribose methylation of RNA in vivo directed by tailored antisense RNA guides. Nature. 1996, 383 (6602): 732–5. Bibcode:1996Natur.383..732C. PMID 8878486. doi:10.1038/383732a0. 
  56. ^ Kiss-László Z, Henry Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs. Cell. 1996, 85 (7): 1077–88. PMID 8674114. doi:10.1016/S0092-8674(00)81308-2. 
  57. ^ Daròs JA, Elena SF, Flores R. Viroids: an Ariadne's thread into the RNA labyrinth. EMBO Rep. 2006, 7 (6): 593–8. PMC 1479586 可免费查阅. PMID 16741503. doi:10.1038/sj.embor.7400706. 
  58. ^ Kalendar R, Vicient CM, Peleg O, Anamthawat-Jonsson K, Bolshoy A, Schulman AH. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes. Genetics. 2004, 166 (3): 1437–50. PMC 1470764 可免费查阅. PMID 15082561. doi:10.1534/genetics.166.3.1437. 
  59. ^ Podlevsky JD, Bley CJ, Omana RV, Qi X, Chen JJ. The telomerase database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D339–43. PMC 2238860 可免费查阅. PMID 18073191. doi:10.1093/nar/gkm700. 
  60. ^ Blevins T; Rajeswaran, R.; Shivaprasad, P. V.; Beknazariants, D.; Si-Ammour, A.; Park, H.-S.; Vazquez, F.; Robertson, D.; Meins, F.; et al. Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (21): 6233–46. PMC 1669714 可免费查阅. PMID 17090584. doi:10.1093/nar/gkl886. 
  61. ^ Jana S, Chakraborty C, Nandi S, Deb JK. RNA interference: potential therapeutic targets. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004, 65 (6): 649–57. PMID 15372214. doi:10.1007/s00253-004-1732-1. 
  62. ^ Schultz U, Kaspers B, Staeheli P. The interferon system of non-mammalian vertebrates. Dev. Comp. Immunol. 2004, 28 (5): 499–508. PMID 15062646. doi:10.1016/j.dci.2003.09.009. 
  63. ^ Kathryn A. Whitehead, James E. Dahlman, Robert S. Langer, Daniel G. Anderson. Silencing or stimulation? siRNA delivery and the immune system. Annual Review of Chemical and Biomolecular Engineering. 2011, 2: 77–96 [2019-05-26]. ISSN 1947-5438. PMID 22432611. doi:10.1146/annurev-chembioeng-061010-114133. （原始内容存档于2020-04-09）. 
  64. ^ Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA. Developmental Biology. 2005, 278 (2): 274–88. PMID 15680349. doi:10.1016/j.ydbio.2004.11.028. 
  65. ^ Caspersson T, Schultz J. Pentose nucleotides in the cytoplasm of growing tissues. Nature. 1939, 143 (3623): 602–3. Bibcode:1939Natur.143..602C. doi:10.1038/143602c0. 
  66. ^ Ochoa S. Enzymatic synthesis of ribonucleic acid (PDF). Nobel Lecture. 1959 [2013-04-23]. （原始内容存档 (PDF)于2011-08-23）. 
  67. ^ Holley RW; Apgar, J.; Everett, G. A.; Madison, J. T.; Marquisee, M.; Merrill, S. H.; Penswick, J. R.; Zamir, A.; et al. Structure of a ribonucleic acid. Science. 1965, 147 (3664): 1462–65. Bibcode:1965Sci...147.1462H. PMID 14263761. doi:10.1126/science.147.3664.1462. 
  68. ^ Siebert S. Common sequence structure properties and stable regions in RNA secondary structures (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau: 1. 2006. （原始内容 (PDF)存档于2012-03-09）. 
  69. ^ Szathmáry E. The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world. Trends Genet. 1999, 15 (6): 223–9. PMID 10354582. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8. 
  70. ^ Fiers W; Ysebaert, R.; Duerinck, F.; Haegeman, G.; Iserentant, D.; Merregaert, J.; Min Jou, W.; Molemans, F.; Raeymaekers, A.; et al. Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene. Nature. 1976, 260 (5551): 500–7. Bibcode:1976Natur.260..500F. PMID 1264203. doi:10.1038/260500a0. 
  71. ^ Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans. Plant Cell. 1990, 2 (4): 279–89. PMC 159885 可免费查阅. PMID 12354959. doi:10.1105/tpc.2.4.279. 
  72. ^ Dafny-Yelin M, Chung SM, Frankman EL, Tzfira T. pSAT RNA interference vectors: a modular series for multiple gene down-regulation in plants. Plant Physiol. December 2007, 145 (4): 1272–81. PMC 2151715 可免费查阅. PMID 17766396. doi:10.1104/pp.107.106062. 
  73. ^ Ruvkun G. Glimpses of a tiny RNA world. Science. 2001, 294 (5543): 797–99. PMID 11679654. doi:10.1126/science.1066315. 
  74. ^ Fichou Y, Férec C. The potential of oligonucleotides for therapeutic applications. Trends in Biotechnology. 2006, 24 (12): 563–70. PMID 17045686. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003. 

外部链接

[编辑]
检索自“https://zh-two.iwiki.icu/w/index.php?title=核糖核酸&oldid=82681164”