GenBank

GenBank
內容
有機體	所有
相關信息
研究中心	NCBI
發佈日期	1982年
訪問入口
數據格式	XML; ASN.1; Genbank format;
網站	NCBI
下載地址	ncbi ftp
網絡服務地址	eutils; soap;
工具
Web	BLAST
Standalone	BLAST
其他
許可	Public domain-US Government

基因銀行（GenBank）是一個開放獲取的序列數據庫（英語：sequence database），對所有公開可利用的核苷酸序列與其翻譯的蛋白質進行收集並註釋。

此數據庫是國際協作核酸序列數據庫（英語：International Nucleotide Sequence Database Collaboration）（INSDC）的一部分，由美國國家生物技術信息中心（NCBI）主管，NCBI為美國國立衛生研究院的下屬機構。GenBank和它的合作者從全球各個實驗室接收了超過百萬種生物的數據。

成立三十年來，GenBank數據庫成為了最重要的也是最有影響力的生物全領域數據庫，其數據正被全球數以百萬計的研究人員獲取與引用。GenBank中的數據量正以每18個月翻一番的速度持續指數增長^[1]^[2]，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。^[3]

歷史

1979年，洛斯阿拉莫斯國家實驗室（LANL）理論生物學和生物物理學小組（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）的Walter Goad（英語：Walter Goad）等人建立了洛斯阿拉莫斯序列數據庫，最終成為了公共的 GenBank數據庫的前身^[4]。1982年，由美國國立衛生研究院、美國國家科學基金會、美國能源部和國防部共同出資，LANL與BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超過2,000個序列被存儲在GenBank。

在20世紀80年代中期，史丹福大學的Intelligenetics bioinformatics公司與LANL合作經營着GenBank項目^[5]。作為最早的互聯網生物信息學社區項目，GenBank計劃為生物學家打造一個開放獲取的BIOSCI（英語：BIOSCI）/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被轉移到新成立的美國國家生物技術信息中心^[6]。

發展

在GenBank的版本162.0（2007年8月）的發行說明中道出：「從1982年到現在，GenBank中的鹼基數每隔18個月翻一番。」^[7]

截至2013年7月8日 (2013-07-08)^[update]，GenBank的版本196.0已有165,740,164個基因座，152,599,230,112個鹼基，165,740,164個報導序列^[3]。 GenBank數據庫還包括一些額外的數據集，不包括在這個統計內。

GenBank中鹼基數前二十的物種（版本 191）^[8]
物種	鹼基對
智人 Homo sapiens	1.6310774187×10^¹⁰
小家鼠 Mus musculus	9.974977889×10^⁹
褐鼠 Rattus norvegicus	6.521253272×10^⁹
家牛 Bos taurus	5.386258455×10^⁹
玉米 Zea mays	5.062731057×10^⁹
野豬 Sus scrofa	4.88786186×10^⁹
斑馬魚 Danio rerio	3.120857462×10^⁹
紫色球海膽（英語：Strongylocentrotus purpuratus） Strongylocentrotus purpuratus	1.435236534×10^⁹
普通獼猴 Macaca mulatta	1.256203101×10^⁹
水稻 Oryza sativa Japonica Group	1.255686573×10^⁹
紅花煙草 Nicotiana tabacum	1.197357811×10^⁹
非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis	1.249938611×10^⁹
黑腹果蠅 Drosophila melanogaster	1.11996522×10^⁹
黑猩猩 Pan troglodytes	1.008323292×10^⁹
擬南芥 Arabidopsis thaliana	1.144226616×10^⁹
家犬 Canis lupus familiaris	951,238,343
釀酒葡萄 Vitis vinifera	999,010,073
原雞 Gallus gallus	899,631,338
大豆 Glycine max	906,638,854
普通小麥 Triticum aestivum	898,689,329

另見

Ensembl
Human Protein Reference Database (HPRD)
序列分析
UniProt
已測序真核生物基因組列表
已測序古菌基因組列表
RefSeq — the Reference Sequence Database
Geneious — includes a GenBank Submission Tool

參考文獻

^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
^ ^3.0 ^3.1 GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-12-22）.
^ Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始內容存檔於2008-11-07）.
^ LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-03-03）.
^ Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
^ Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始內容存檔於2020-05-14）.
^ Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.

本條目引用的公有領域材料來自美國國家生物技術信息中心的文檔《NCBI Handbook》。

外部連結

GenBank （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
Example sequence record, for hemoglobin beta
BankIt （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
Sequin （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database.
EMBOSS （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） — free, open source software for molecular biology
GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
GenBank File-Format Converter （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）

[pmid18073190-1] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.

[pmid18940867-2] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.

[ReleaseNotes-3] 3.0 ^3.1 GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-12-22）.

[lanl2000-4] Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始內容存檔於2008-11-07）.

[lanl1994-5] LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-03-03）.

[pmid2326192-6] Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.

[7] Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始內容存檔於2020-05-14）.

[pmid21071399-8] Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.

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閱論編生物信息學
數據庫	測序數據庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA數據庫(DDBJ) 輔助數據庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質信息資源（英語：Protein Information Resource）其它數據庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組數據庫：酵母基因組數據庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英語：FlyBase）、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、擬南芥信息資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚信息網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	伺服器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術信息中心（NCBI）瑞士生物信息學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所（英語：Broad Institute）維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子系統發生學測序序列比對
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