Rp3病毒

Rp3病毒
病毒分類
（未分级）：	病毒 Virus
域：	核糖病毒域 Riboviria
界：	正核糖病毒界 Orthornavirae
门：	小核糖病毒门 Pisuviricota
纲：	小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目：	套式病毒目 Nidovirales
科：	冠状病毒科 Coronaviridae
属：	乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属：	SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：	Rp3病毒 SARSr-CoV
毒株：	Rp3病毒 Rp3

蝙蝠冠狀病毒Rp3（Bat SARS-CoV/Rp3/2004）是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，為SARS-CoV相關病毒，在中國廣西的皮氏菊頭蝠樣本中發現，於2005年發表。

發現

2004年3月至11月，研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本，在廣西南寧皮氏菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒，即Rp3病毒，於2005年和Rf1病毒與Rm1病毒一起發表^[1]。

基因組

Rp3病毒的基因組長29736nt^[2]，序列與SARS-CoV的相似度為92.6%^[3]，其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列，為一完整的開放閱讀框，人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rp3的ORF8（121個胺基酸）比人類SARS病毒ORF8輔助蛋白（121個胺基酸）少一個胺基酸，且兩者胺基酸序列相似度僅35%^[1]。另外Rp3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）^[4]。

演化樹

截至2021年1月 (2021-01)^[update]，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韓國全羅北道（2016年採集、2019年發表）^[5]

	Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中國湖北宜昌（2004年採集、2005年發表）^[1]

	BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中國廣東（2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株）^[6]

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中國雲南保山（2011年採集、2014年發表）^[7]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中國廣西南寧（2004年採集、2005年發表）^[1]

	SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰（2013年採集、2015年發表）^[4]

	SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰（2013年採集、2015年發表）^[4]

	SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明（2011年採集、2013年發表）^[8]

	WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明（2012年採集、2013年發表）^[8]

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明（2013年採集、2016年發表）^[3]

	果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東^[6]

	SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

蝙蝠病毒

果子狸病毒

人類病毒

參考文獻

^ ^1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）.
^ Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-10-15）.
^ ^3.0 ^3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）.
^ ^4.0 ^4.1 ^4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）.
^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）.
^ ^6.0 ^6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）.
^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）.
^ ^8.0 ^8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）.

[Li2005-1] 1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）.

[2] Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-10-15）.

[pmid26719272-3] 3.0 ^3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）.

[LauFeng2015-4] 4.0 ^4.1 ^4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）.

[pmid31076983-5] Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）.

[book2015-6] 6.0 ^6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）.

[pmid24719429-7] He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）.

[2013Nature-8] 8.0 ^8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）.

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