史高比耶城市博物馆（马其顿语：Музеј на град Скопје）是北马其顿共和国首都史高比耶的一座博物馆。
史高比耶城市博物馆位于一座旧火车站的建筑内，1949年由前南斯拉夫政府建立，1963年，因史高比耶发生地震，部分馆舍被毁，后在1965年重建。博物馆主要展示有关史高比耶历史的藏品，展示史高比耶自公元前3000年至今的历史。
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41°59′27″N 21°25′46″E / 41.99083°N 21.42944°E / 41.99083; 21.42944