单链构象多态性（英语：single-strand conformation polymorphism，简称为SSCP)是一种分离核酸的技术，可以分离相同长度但序列不同的核酸（性质类似于DGGE和TGGE，但方法不同）。
在非变性条件下，单链核酸分子由于分子内序列互补，可形成二级和三级结构，即不同构象。在凝胶电泳中，未变性的单链核酸分子通过如下性质分离：
- 链长
- 分子间相互作用
- 一级结构：某些位点的一个核苷酸发生改变也可能影响整个构象。
- 利用PCR从提取出的DNA中扩增16S rRNA基因。
- 利用λ-外切核酸酶消化掉一条链（其中一个PCR引物被磷酸化，这条链将被去除）。
- 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)。
- 单链构象多态性可用于预筛选克隆文库。
- 可对其中的某一个条带进行测序，并与数据库中已知序列比对。
