2006年中國足球乙級聯賽是中國足協改革聯賽後舉行的第三屆中國足球乙級聯賽，聯賽於2006年5月6日展開，預賽10月7日於結束，決賽階段由10月25日至11月2日於重慶舉行，最後由大學生組成的北京理工奪得聯賽冠軍。
| 排名
|
球隊
|
賽
|
勝
|
平
|
負
|
得
|
失
|
差
|
分
|
資格
|
| 1 |
安徽九方 |
16 |
12 |
1 |
3 |
24 |
11 |
+13 |
37 |
進入決賽階段
|
| 2 |
雲南麗江 |
16 |
11 |
4 |
1 |
30 |
14 |
+16 |
34 |
進入決賽階段
|
| 3 |
武漢雅琪 |
16 |
8 |
4 |
4 |
23 |
16 |
+7 |
28 |
進入決賽階段
|
| 4 |
寧波華奧 |
16 |
8 |
3 |
5 |
25 |
17 |
+8 |
27 |
進入決賽階段
|
| 5 |
四川 |
16 |
7 |
5 |
4 |
20 |
19 |
+1 |
26 |
|
| 6 |
廣西天基 |
16 |
5 |
3 |
8 |
20 |
27 |
-7 |
18 |
|
| 7 |
上海東亞 |
16 |
3 |
5 |
8 |
26 |
29 |
-3 |
14 |
|
| 8 |
蘇州趣普仕 |
16 |
4 |
1 |
11 |
16 |
32 |
-16 |
13 |
|
| 9 |
寧波中豹 |
16 |
0 |
5 |
11 |
4 |
23 |
-19 |
5 |
|
| 排名
|
球隊
|
賽
|
勝
|
平
|
負
|
得
|
失
|
差
|
分
|
資格
|
對賽成績
|
| 1 |
北京理工 |
16 |
10 |
5 |
1 |
32 |
9 |
+23 |
35 |
進入決賽階段
|
| 2 |
哈爾濱毅騰 |
16 |
9 |
5 |
2 |
23 |
10 |
+13 |
32 |
進入決賽階段
|
| 3 |
天津火車頭 |
16 |
7 |
6 |
3 |
25 |
14 |
+11 |
27 |
進入決賽階段
|
| 4 |
青島海鯊 |
16 |
6 |
6 |
4 |
13 |
13 |
0 |
24 |
進入決賽階段
|
| 5 |
北京巴士 |
16 |
5 |
7 |
4 |
19 |
13 |
+6 |
22 |
|
北京：3分；3-3
新疆：3分：3-3
|
| 6 |
新疆體彩 |
16 |
6 |
4 |
6 |
17 |
16 |
+1 |
22 |
|
| 7 |
天津東麗 |
16 |
3 |
5 |
8 |
9 |
18 |
-9 |
14 |
|
| 8 |
青島黎明 |
16 |
3 |
2 |
11 |
11 |
35 |
-14 |
11 |
|
| 9 |
遼寧中巴 |
16 |
3 |
0 |
13 |
12 |
33 |
-21 |
9 |
|
註：每區球隊對同區球隊2次，無需對第二區的球隊。南區及北區的前四名球隊晉級季後賽（四分之一決賽）。
| 俱樂部
|
首回合
|
次回合
|
點球
|
總比分
|
俱樂部
|
| 北京理工
|
1 - 1
|
2 - 2
|
6 - 5
|
9 - 8
|
天津火車頭
|
| 哈爾濱毅騰
|
1 - 1
|
0 - 0
|
3 - 1
|
4 - 2
|
安徽九方
|
| 俱樂部
|
90分鐘賽
|
加時賽
|
點球
|
總比分
|
俱樂部
|
| 安徽九方
|
3 - 3
|
0 - 0
|
6 - 5
|
9 - 8
|
天津火車頭
|
| 俱樂部
|
90分鐘賽
|
加時賽
|
點球
|
總比分
|
俱樂部
|
| 北京理工
|
3 - 0
|
|
|
3 - 0
|
哈爾濱毅騰
|
