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核酸內切酶（英語：endonuclease）在核酸水解酶中，為可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶，與核酸外切酶相對應。從對底物的特異性來看，可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般來說，大都不具鹼基特異性，但也有諸如脾臟RNase、RNaseT1等或限制性內切酶那種能夠識別並切斷特定的鹼基或鹼基序列的酶。其中的限制內切酶又稱限制酶，可切割特定的DNA位置。
| 3.1.1：羧酸酯水解酶類 | |||||||||||||||
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| 3.1.2：硫酯水解酶類 | |||||||||||||||
| 磷酸酶 |
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| 3.1.6：硫酸酯酶類 | |||||||||||||||
| 核酸酶（包含 去氧核糖核酸酶 及核糖核酸酶） |
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