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馬福元,中華民國大陸時期新疆國民革命軍第三十六師穆斯林將領,為馬仲英之部屬。
1934年葉爾羌戰役和英吉沙戰役中,馬福元與馬占倉成功剿滅柯爾克孜和維吾爾叛軍並消滅東突厥斯坦第一共和國領導人鐵木爾伯克、阿不都拉·布格拉和努爾·阿合買提江·布格拉。[1]。
馬福元後升任第三十六師副師長。