BioModels
BioModels Database （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） 是一個完全免費的，用來存儲描述生化反應的數學模型的數據庫。同時也提供很多其他功能，例如反應模擬、提取子模型等。
什麼是BioModels Database
[編輯]BioModels Database是一個免費的生物模型在線數據庫。數據庫中主要存儲數量型生物化學模型。所有的模型都是在相關的科學文章中發表過的並且經過了同行評審。
所有BioModels Database中的模型都是已經發表在各種學術刊物上的，並且被驗證人員用模擬軟件模擬驗證過的. 模型中所涉及的生化物質和反應也被儘量連結到參考數據庫中的相關條目，方便用戶快速獲得詳細信息。
生物學家可以將描述生化反應的數學模型以SBML和CellML兩種格式上傳到數據庫中。當模型上傳後，系統會自動校驗模型，並生成更多的數據格式供科研人員下載使用：SBML, CellML, XPP, SciLab, BioPAX和一些圖形格式， 如GIF, SVG和applet。模型也可通過Web服務查詢獲取[1]。
學術期刊的支持
[編輯]當前BioModels Database得到很多期刊的支持。當一個生化模型的科研人員在發表關於生化模型的學術文章前，這些期刊會推薦作者將模型存在BioModels Database里。當文章發表時，讀者便可以直接從BioModels Database中下載模型。目前，支持BioModels Database的期刊包括自然出版集團的Molecular Systems Biology、PLoS的所有期刊、BioMed Central的所有期刊和Royal Society of Chemistry的所有期刊.
研發與維護機構
[編輯]BioModels Database由以下機構合作開發：位於英國劍橋的歐洲生物信息研究所的運算神經生物學組； 美國加利福尼亞Keck Graduate Institute的SBML組和日本Systems Biology Institute以及 JWS Online, Stellenbosch University, ZA。
目前BioModels Database主要由歐洲生物信息研究所的BioModels.net[2]團隊負責維護。
研發資金來源
[編輯]BioModels Database的研發得到以下組織的資助：歐洲分子生物實驗室和美國National Institute of General Medical Sciences.
參考文獻
[編輯]- ^ Li C., Courtot M., Le Novère N. and Laibe C (2009) BioModels.net Web Services, a free and integrated toolkit for computational modelling software, Briefings in Bioinformatics, doi:10.1093/bib/bbp056
- ^ BioModels.net網站 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） （英文）
外部連結
[編輯]- BioModels Database網站 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） （英文）
- Li C., Donizelli M., Rodriguez N., Dharuri H., Endler L., Chelliah V., Li L., He E., Henry A., Stefan M.I., Snoep J.L., Hucka M., Le Novère N. and Laibe C. (2010) BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models. BMC Systems Biology 2010, 4:92 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） （英文）
- Le Novère N., Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Dharuri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep J.L., Hucka M. (2006) BioModels Database: a free, centralized database of curated, published, quantitative kinetic models of biochemical and cellular systems. Nucleic Acids Res., 34: D689-D691. （英文）
- Le Novère N., Finney A., Hucka M., Bhalla U., Campagne F., Collado-Vides J., Crampin E., Halstead M., Klipp E., Mendes P., Nielsen P., Sauro H., Shapiro B., Snoep J.L., Spence H.D., Wanner B.L. (2005) Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM) Nature Biotechnology, 23: 1509-1515. （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） （英文）
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