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澎湖水师协为台湾清领时期军事组织，隶属绿营台湾镇，始于大清帝国将台湾纳入版图的同一年（康熙23年，1684年），迄于光绪12年（1886年）调升为澎湖水师镇，存在时间达202年。

澎湖水师协最高武官以副将为首，其下设左、右两营，两营各置游击一员、守备一员。兵员共2,000人，哨船共36艘，分为十三处汛守。士兵采班兵制度，即来自福建、广东军队论调台湾，三年一换。乾隆47年（1782年），员额裁减142人，降为1,858人；同治七年（1868年）改制，左、右营裁撤游击、守备，改由都司统率。