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Nexus

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Nexus文件是一種生物信息學中常用的文件格式。很多軟體使用或者識別這種格式,例如PAUP*和MacClade。

語法

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註解:使用「[]」。位於「[」和「]」之間的文字將被軟體忽略,作為註解用。

文件採用「塊」的方式來組織信息。每一個塊的語法結構為:

BEGIN 块的名称;
END;

基本塊結構

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DATA

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例如:
begin data;
dimensions ntax=5 nchar=600;
format interleave datatype=DNA missing=N gap=-;
end;

ntax表示分類單位的數量,nchar表示數據的長度,上面這個例子裡的含義是DNA有600個鹼基長度。數據類型,datatype是DNA。另外可以定義缺失信息和缺口用什麼字符表示。

PAUP或軟體自定義塊

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有些軟體可以識別特定的塊,供自己特殊使用。例如PAUP block可以用來控制PAUP*MrBayes也可以有自己的塊。常用這些軟體自定義塊來進行批處理

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Nexus文件裡面可以包含種系發生樹信息。例如:
tree PAUP_1 = [&U](((1:0,2:0.001674,3:0.001670):0.001658,4:0.003371):0.012438,(((5:0.003348,6:0.005043):0.001668,7:0.005031):0.003351,8:0):0.009545,9:0.564416);
End;

閱讀NEXUS格式的系統進化樹文件,可以使用TreeView軟體。也可以使用TreeGraph[1]軟體將其轉換成SVG格式。

外部連結

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注釋

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  1. ^ 存档副本. [2006-11-17]. (原始內容存檔於2007-05-22).