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亞門(英文:动物的亚门为 subphylum,植物和真菌的亚门为 subdivision[註 1])是生物分类法中的一个次要分类阶元,一般位于门和纲之间,但有时亚门和纲之间还会增设下门、总纲等次要阶元。
在植物和藻类中,亞門的拉丁學名詞尾為 -phytina,真菌中為 -mycotina,動物的亞門則無固定詞尾。