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亚门(英文:动物的亚门为 subphylum,植物和真菌的亚门为 subdivision[注 1])是生物分类法中的一个次要分类阶元,一般位于门和纲之间,但有时亚门和纲之间还会增设下门、总纲等次要阶元。
在植物和藻类中,亚门的拉丁学名词尾为 -phytina,真菌中为 -mycotina,动物的亚门则无固定词尾。