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黃錦雲(?—?),中國清朝武官官員。黃錦雲於1869年(同治8年)奉旨接替吳奇勳,於澎湖群島擔任澎湖水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職職等為正二品,是台灣清治時期的這階段,扼守台灣海峽的重要武將,並統帥兩標水營,數千名水師兵勇。