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黄锦云(?—?),中国清朝武官官员。黄锦云于1869年(同治8年)奉旨接替吴奇勋,于澎湖群岛担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品,是台湾清治时期的这阶段,扼守台湾海峡的重要武将,并统帅两标水营,数千名水师兵勇。