吳敦義內閣（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院院長 | 吳敦義（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院副院長 | 朱立倫（2009年9月10日 – 2010年5月17日） → 陳冲 （2010年5月17日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院秘書長 | 林中森（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
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八部二會 |
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| 內政部部長 | 江宜樺（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
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| 外交部部長 | 楊進添（2009年9月10日 – 2012年9月25日） |
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| 國防部部長 | 高華柱（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
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| 財政部部長 | 李述德（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 教育部部長 | 吳清基（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
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| 法務部部長 | 王清峰（2008年5月20日 – 2010年3月11日） → 黃世銘 (代理)（2010年3月12日 – 2010年3月21日） → 曾勇夫（2010年3月22日 – ） |
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| 經濟部部長 | 施顏祥（2009年9月10日 – 2013年2月17日） |
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| 交通部部長 | 毛治國（2008年5月20日 – 2013年2月17日） |
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| 蒙藏委員會委員長 | 高思博（2008年5月20日 – 2011年2月9日） → 羅瑩雪（2011年2月9日 –2013年9月29日） |
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| 僑務委員會委員長 | 吳英毅（2008年5月20日 – 2013年7月31日） |
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| 行政院公平交易委員會主任委員 | 吳秀明（2010年2月1日 – ；任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 行政院公共工程委員會主任委員 | 范良銹（2008年5月20日 – 2011年3月31日，政務委員兼任） → 李鴻源（2011年4月1日 – 2012年2月6日） |
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| 中央選舉委員會主任委員 | 賴浩敏（2009年11月4日 – 2010年10月12日） → 張博雅（2010年11月12日 – ） |
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| 行政院飛航安全委員會主任委員 | 吳靜雄（2005年8月12日 – 2010年5月24日） → 張有恆（2010年5月25日 – 2012年5月19日） |
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| 北美事務協調委員會主任委員 | 朱文祥（代理，2008年5月20日 – 2009年5月12日） → 邵玉銘（2009年5月13日 – 2012年5月20日） |
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| 國家通訊傳播委員會主任委員 | 彭芸（2008年8月1日 – 2010年8月10日） → 蘇蘅（2010年8月11日 – ；任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 行政院新聞局局長兼行政院發言人 | 蘇俊賓（2008年12月31日 – 2010年2月24日） → 江啟臣（2010年2月24日 – 2011年5月1日 ） → 楊永明（2011年5月2日 – 2012年5月19日） |
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| 行政院主計處主計長 | 石素梅（2008年5月20日 –2016年5月20日 ） |
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| 行政院人事行政局局長 | 吳泰成（2009年9月10日 – 2012年3月25日） |
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| 中央銀行總裁 | 彭淮南（1998年2月25日 –2018年2月25日 ）（任期制的獨立機關，不受內閣改組影響） |
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| 國立故宮博物院院長 | 周功鑫（2008年5月20日 – 2012年7月29日） |
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| 臺灣省政府主席 | 張進福（2009年9月10日 – 2010年2月24日，政務委員兼任） → 林政則（2010年2月24日 – ，政務委員兼任） |
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| 福建省政府主席 | 薛承泰（2009年9月10日 – 2013年2月18日，政務委員兼任） |
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| 行政院中部聯合服務中心主任 | 林政則（2010年2月25日 – ，政務委員兼任） |
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| 行政院南部聯合服務中心主任 | 林政則（2010年2月25日 – 2012年9月13日，政務委員兼任） |
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| 行政院東部聯合服務中心主任 | 林政則（2010年2月25日 – 2012年9月4日，政務委員兼任） |
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不管部會之政務委員 |
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蔡勳雄（2008年5月20日 – 2010年2月24日） | 張進福（2008年5月20日 – 2012年5月20日） | 范良銹（2008年5月20日 – 2011年4月1日） | 曾志朗（2008年5月20日 – 2012年2月6日） | 高思博（2008年5月20日 – 2011年2月9日） | 薛承泰（2009年2月16日 – 2013年2月16日） | 梁啟源（2009年10月1日 – 2011年3月1日） | 尹啟銘（2009年11月16日 – 2011年11月28日） | | | 朱敬一（2011年3月1日 – 2012年2月6日） | 李鴻源（2011年4月1日 – 2012年2月6日） |
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