吴敦义内阁（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 行政院院长 | 吴敦义（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 行政院副院长 | 朱立伦（2009年9月10日 – 2010年5月17日） → 陈冲 （2010年5月17日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 行政院秘书长 | 林中森（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
|---|
八部二会 |
|---|
| 内政部部长 | 江宜桦（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 外交部部长 | 杨进添（2009年9月10日 – 2012年9月25日） |
|---|
| 国防部部长 | 高华柱（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
|---|
| 财政部部长 | 李述德（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 教育部部长 | 吴清基（2009年9月10日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 法务部部长 | 王清峰（2008年5月20日 – 2010年3月11日） → 黄世铭 (代理)（2010年3月12日 – 2010年3月21日） → 曾勇夫（2010年3月22日 – ） |
|---|
| 经济部部长 | 施颜祥（2009年9月10日 – 2013年2月17日） |
|---|
| 交通部部长 | 毛治国（2008年5月20日 – 2013年2月17日） |
|---|
| 蒙藏委员会委员长 | 高思博（2008年5月20日 – 2011年2月9日） → 罗莹雪（2011年2月9日 –2013年9月29日） |
|---|
| 侨务委员会委员长 | 吴英毅（2008年5月20日 – 2013年7月31日） |
|---|
|
|
| 行政院公平交易委员会主任委员 | 吴秀明（2010年2月1日 – ；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
|---|
| 行政院公共工程委员会主任委员 | 范良锈（2008年5月20日 – 2011年3月31日，政务委员兼任） → 李鸿源（2011年4月1日 – 2012年2月6日） |
|---|
| 中央选举委员会主任委员 | 赖浩敏（2009年11月4日 – 2010年10月12日） → 张博雅（2010年11月12日 – ） |
|---|
| 行政院飞航安全委员会主任委员 | 吴静雄（2005年8月12日 – 2010年5月24日） → 张有恒（2010年5月25日 – 2012年5月19日） |
|---|
| 北美事务协调委员会主任委员 | 朱文祥（代理，2008年5月20日 – 2009年5月12日） → 邵玉铭（2009年5月13日 – 2012年5月20日） |
|---|
| 国家通讯传播委员会主任委员 | 彭芸（2008年8月1日 – 2010年8月10日） → 苏蘅（2010年8月11日 – ；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
|---|
| 行政院新闻局局长兼行政院发言人 | 苏俊宾（2008年12月31日 – 2010年2月24日） → 江启臣（2010年2月24日 – 2011年5月1日 ） → 杨永明（2011年5月2日 – 2012年5月19日） |
|---|
| 行政院主计处主计长 | 石素梅（2008年5月20日 –2016年5月20日 ） |
|---|
| 行政院人事行政局局长 | 吴泰成（2009年9月10日 – 2012年3月25日） |
|---|
| 中央银行总裁 | 彭淮南（1998年2月25日 –2018年2月25日 ）（任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
|---|
| 国立故宫博物院院长 | 周功鑫（2008年5月20日 – 2012年7月29日） |
|---|
| 台湾省政府主席 | 张进福（2009年9月10日 – 2010年2月24日，政务委员兼任） → 林政则（2010年2月24日 – ，政务委员兼任） |
|---|
| 福建省政府主席 | 薛承泰（2009年9月10日 – 2013年2月18日，政务委员兼任） |
|---|
| 行政院中部联合服务中心主任 | 林政则（2010年2月25日 – ，政务委员兼任） |
|---|
| 行政院南部联合服务中心主任 | 林政则（2010年2月25日 – 2012年9月13日，政务委员兼任） |
|---|
| 行政院东部联合服务中心主任 | 林政则（2010年2月25日 – 2012年9月4日，政务委员兼任） |
|---|
|
不管部会之政务委员 |
|---|
蔡勋雄（2008年5月20日 – 2010年2月24日） | 张进福（2008年5月20日 – 2012年5月20日） | 范良锈（2008年5月20日 – 2011年4月1日） | 曾志朗（2008年5月20日 – 2012年2月6日） | 高思博（2008年5月20日 – 2011年2月9日） | 薛承泰（2009年2月16日 – 2013年2月16日） | 梁启源（2009年10月1日 – 2011年3月1日） | 尹启铭（2009年11月16日 – 2011年11月28日） | | | 朱敬一（2011年3月1日 – 2012年2月6日） | 李鸿源（2011年4月1日 – 2012年2月6日） |
|
